يعهد بأعمال سكرتارية المجلس إلى أمين عام يعين بظهير، ويتولى مساعدة الرئيس في مهامه. وبهذه الصفة يسهر على تسيير إدارة المجلس وتدبير شؤون الموظفين، وفقا للتفويض المخول له من قبل رئيس المجلس.
ويقوم الأمين العام علاوة على ذلك بـ:
- إعداد الوثائق والمستندات المتعلقة باجتماعات المجلس؛
- مسك محاضر المجلس؛
- مسك وحفظ بيانات وتقارير وملفات ومحفوظات المجلس؛
- المساهمة في تنسيق أشغال اللجان ومجموعات العمل الخاصة المحدثة لدى المجلس والهيئة الوطنية لتقييم منظومة التربية والتكوين والبحث العلمي.
- كما يشارك الأمين العام في أشغال المجلس وفي أشغال مكتبه بصفة استشارية.